1903年(明治36年)に、日本福音教会の金子吉之助牧師によって、中里町(現在の上町1丁目)において伝道が開始されました。
1906年(明治39年)に「横須賀福音教会」が設立され、その後、関東大震災による罹災のために、1931年(昭和6年)に、現在地に移転し、翌年、教会付属の「聖心幼稚園」が開園しました。
1941年(昭和16年)、日本基督教団の合同に参加して、教会は「横須賀中里教会」、幼稚園も「戦時保育園」と改称。戦後、幼稚園は名称を元の聖心幼稚園に戻しました。1959年(昭和34年)、町名変更などの理由により、名称を、教会を「横須賀上町教会」そして幼稚園を「横須賀上町教会付属めぐみ幼稚園」と改称して今日に至ります。